次氯酸鈉消毒劑的殺菌作用視次氯酸鈉的濃度而定。濃度越高，殺菌作用越強，次氯酸鈉溶液的pH值變小后，釋出更多的次氯酸鈉，殺菌作用隨之增強，當溶液的pH值變大后，釋出次氯酸鈉的量減少，殺菌作用隨之降低。次氯酸鈉的殺菌機理包括次氯酸鈉的氧化作用和新生態氧的作用以及氧化作用，目前認為次氯酸鈉的氧化作用是主要的。
　　次氯酸鈉在水中形成的次氯酸不僅可與細胞壁發生作用，其因分子小, 不帶電荷，故易侵入細胞內與蛋質發生氧化作用或破壞其磷酸脫氫酶，使糖代謝失調而導致細菌死亡。另外，由次氯酸分解形成的新生態氧能將菌體蛋白質氧化，消毐劑中含有的氯又能對菌體質發生氯化作用，從而達到消毒殺菌的效果。以有效氯的質量濃度為50mg/L的次氯酸鈉溶液作用3分鐘，對大腸桿菌、金黃色葡萄球菌的殺滅率達99%以上;有效氣濃度為250mh/L時，對枯草桿菌黑色變種芽孢作用30分鐘，殺滅率為99%以上；有效氯濃度為 500mg/L時，作用5分鐘,可將純化HBsAg抗原性破壞。